Junkön har tidigare benämnts Jonkön och Juckön i kyrkböckerna. Jonkön kan komma från Jonke (Johan) som kan ha varit den som namngav ön en gång i tiden.
Erik Johansson med hustru Klara Hansdotter samt Olof Jacobsson ser enligt kyrkboken ut att ha påbörjat byggandet av de två ursprungsgårdarna 1761 men försvinner från ön inom kort.
Sundvallsskläktet tar sin början 1763 på gården Junkön 1 och kom från Siknäs.
Ökvistsläktet tar sin början 1770 på gården Junkön 2 och kom från Gäddvik.
De två ursprungsgårdarna har ett släktband mellan sig genom giftermålet mellan Per Hansson Junkön 1 och Maria Nilsdotter Junkön 2.
Sundvalls ursprungshemman består numera av tre gårdar medan Ökvists hemman består än idag som det såg ut från början.
Jordbruk och fiske har varit huvudnäringen men en och annan båt verkar också ha byggts och sålts. En väderkvarn av finsk typ uppfördes 1803 av öns byamän går att läsa på stolpe i kvarnen.
Numera har Luleå Kommun Fritidsförvaltning tagit över större delen av hamnen till fördel för det rörliga friluftslivet. En mindre del av hamnens ursprung återstår där öns befolkning som består mestadels av fritidsboende och deltidsboende samt två familjer Ökvist som fortfarande livnär sig på fiske huserar.